هدف کلی این مرکز انجام پژوهش های بنیادی و کاربردی با محور های کلی زیر می باشد:

الف: سرطان های دستگاه گوارش و کبد به طور خاص و سرطان سایر دستگاه ها به طور عام

ب: بیماری های عملکردی دستگاه گوارش

ج: هپاتیت های ویروسی، بیماری های عفونی و انگلی و عوارض کبدی آنها

د: بیماری های خود ایمن

و: چاقی و عوارض مرتبط از جمله کبد چرب

ه: بیماری های کبدی ناشی از سموم و داروها

اهداف جزئی:

• توسعه و بکارگیری دانش بشری در زمینه علم گوارش و کبد

• انجام پژوهش های بنیادی اپیدمیولوژیک و بالینی در جهت اصلاح نظام ارائه خدمات بهداشتی درمانی کشور به منظور جوابگویی به نیاز های جامعه

• جمع آوری اطلاعات، تنظیم و طبقه بندی اسناد، مقالات و مدارک مربوطه و انتشار آنها

• تربیت نیروی انسانی محقق در زمینه پژوهش های مرتبط با گوارش و کبد

• ترغیب، تشویق و بکارگیری محققین بین رشته ای در انجام پژوهش های مرتبط

• کوشش جهت جلب همکاری مراکز تحقیقاتی و اجرائی مربوطه در داخل کشور

• همکاری علمی با مراکز تحقیقاتی و آموزشی سایر کشورها و سازمان های بین المللی با رعایت قوانین و مقررات دولت جمهوری اسلامی ایران جهت انجام پژوهش های مشترک و پوشش نيازهای پژوهشی، آموزشی و درمانی در زمينه بیماری های گوارش و کبد

• ايجاد زمینه جهت توانمند سازی نيروی انسانی در سطوح مختلف و برگزاری کارگاه، سمينار، کنگره جهت ارائه يافته های علمی جديد در خصوص بیماری های گوارش و کبد

• ایجاد زمينه لازم برای ارائه دستاوردهای پژوهشی، درمانی، آموزشی در خصوص بیماری های گوارش و کبد از طريق نمايشگاه، وب سايت، بروشور، کتاب، فيلم، خبرنامه، مجله

• تأمین نیروی انسانی و ساختار تشکیلاتی لازم